草薙素子成功地自栽培她的501機關獨立，在軍方體系中獲得自由。但對於在背後助其一臂之力的荒卷以及來自他的招聘，素子卻置之不理，而在思考關於組建自己部隊的事。就在這個時候，卻有人駭進了後勤車的系統裡。

草薙在荒卷的要求下，為了進行調查而將運輸車運往研究室，卻在途中遭到了武裝集團的攻擊。而攻擊草薙的居然是有著「不眠之眼」的前特戰隊員巴特跟波瑪，以及前陸軍情報部的石川。

原來巴特等人以前的長官——第78混編部隊的蘇我和哉上校被控是屠殺難民的戰犯而受到審判；巴特一行人為了證明長官的清白而使用特殊軍事裝備來進行電子戰。但他們卻發現，可以干擾裝備的平行解除程式（暗號）拷貝藏在後勤車裡，因而要將它破壞。

而將這情報告訴草薙的是美軍情報部的特務VV。草薙便和VV，偕同陸軍警察的帕茲、海軍陸戰隊的王牌狙擊手齋藤展開了反擊！